Il y a mille ans, une terrible guerre faisait rage entre deux puissantes villes-machine, Zanarkand et Bevelle. Au paroxysme de ce conflit, une entité dévastatrice du nom de Sin fit son apparition et réduisit Zanarkand à néant pour punir les hommes de leur vanité. Effrayés par cette menace inattendue, les habitants du reste de Spira se réunirent autour de la religion. Ainsi naquit Yevon, le culte de la culpabilité. Depuis mille ans, des Invokeurs se succèdent pour effectuer un pèlerinage ayant pour but d'anéantir Sin... mais seulement pour une courte durée : la Félicité. Jusqu'à présent, seules cinq Félicités ont eu été apportées. La dernière en date est celle de Braska, il y a dix ans. Mais déjà Sin est de retour. Et c'est sa fille, Yuna, qui se décide à offrir au reste de Spira cet période de calme, espérant que cette fois-ci sera la dernière : l'éternelle Félicité. Mais Sin disparaîtra-t-il un jour ? Et surtout, d'où vient ce mystérieux jeune homme nommé Tidus ?
Deux ans se sont écoulés depuis la disparition de Sin. L'éternelle Félicité apportée par Yuna et ses gardiens n'a cependant pas entraîné que du bonheur : c'est dans une Spira déboussolée que des tensions commencent à naître entre les partisans des machines al bhedes, qui cherchent à rebâtir immédiatement un monde technologique, et les conservateurs, qui appliquent le fameux adage "chaque chose en son temps". De son côté, Yuna a beaucoup de mal à remonter la pente après sa douloureuse perte. Cependant, après la découverte d'une sphère faisant vraisemblablement apparaître Tidus, elle reprend espoir et se décide à partir à sa recherche avec l'aide de sa cousine, Rikku. Mais le secret sur lequel elles s'apprêtent à mettre la main va bien au-delà de leurs espérances et pourrait bien replonger Spira dans les ténèbres...